באוגוסט 2006 פורסמה גרסה חדשה של נוהל פר"ת. נוהל פר"ת הינו נוהל של ממשלת ישראל שפותח כדי להתוות מכלול הנחיות לבדיקת כדאיות של פרויקטים תחבורתיים, על פי בסיס אחיד. השאלות עליהן ניתן לענות בעזרת הנוהל הן :
• באילו תוכניות ופרויקטים תחבורתיים כדאי להשקיע
• באיזה עיתוי
• כיצד להימנע מהשקעות שאינן כדאיות
עבודה זו תעסוק בשאלה האם כביש חוצה ישראל היה מקבל תמיכה ממשלתית ומובא לביצוע, אם היה נבחן על פי עקרונות נוהל פר"ת המעודכן.